På Ljungenskolan finns drygt 600 elever inskrivna. Klasserna är åldershomogena och ses som en klass, oavsett elevantal. Eleverna går i en klass (årskurs) och är uppdelad i studiegrupper och mentorsgrupper. Studiegrupperna ändras årligen fram till årskurs 7 i syfte att alla elever ska känna varandra.

Till varje årskurs är ett antal lärare knutna och för de yngre årskurserna även fritidspedagoger. Varje lärare är även mentor för en mentorsgrupp. De yngre eleverna har också en fritidsmentor.

På Ljungenskolan finns även Vellinge kommuns grundsärskola.